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lqhenwunai 发表于 2020-8-8 11:02:01

请问python类中建立的矩阵怎么初始化？

本帖最后由 lqhenwunai 于 2020-8-8 11:25 编辑

比如我有这么一段代码：

class molecule:
      XYZ_Coords=np.mat(np.zeros((3,3)))
      Atoms=[]
      def __init__(self, ？？？？？):
               


请问对于这样的类，我怎么写init函数进行实例化呢？


在之后的函数调用中，我有这么一段代码：
      Molecules=[]
      H2O=molecule()
      for i in range(NAtom):
                H2O.Atoms.append(Atoms)
                H2O.XYZ_Coords=GeomBlock
                H2O.XYZ_Coords=GeomBlock
                H2O.XYZ_Coords=GeomBlock

                j+=1
                if (i+1)%3==0:
                        Molecules.append(H2O)
                        j=0
      
我是想建立一个水分子的对象，每个水分子由三个原子组成。因此在读取每个原子的坐标后，以三个为一组，存到水分子这个对象中，然后将所有水分子对象存到Molecules这个列表中。
但是最后打印出的Molecules.XYZ_Coords，都显示的是最后一个水分子的坐标。因此我觉得是我的molecule这个类没有定义init的缘故。但是我这种情况应该怎么定义init函数呢？




谢谢。

永恒的蓝色梦想 发表于 2020-8-8 11:35:54

class molecule:
      def __init__(self):
            self.XYZ_Coords = np.mat(np.zeros((3,3)))
            self.Atoms = []

永恒的蓝色梦想 发表于 2020-8-8 11:59:17

麻烦给个最佳啊{:10_266:}

lqhenwunai 发表于 2020-8-8 11:59:50

永恒的蓝色梦想 发表于 2020-8-8 11:35


谢谢！我把 XYZ_Coords 和Atoms都放到init里定义，然后有以下调用：

      Molecules=[]

      H2O=molecule()

      NMol=300
      NAtom=len(Atoms)
      H_x_avg=0
      H_y_avg=0
      H_z_avg=0
      j=0

      for i in range(NAtom):
                H2O.Atoms.append(Atoms)

                H2O.XYZ_Coords=GeomBlock
                H2O.XYZ_Coords=GeomBlock
                H2O.XYZ_Coords=GeomBlock

                j+=1
                if (i+1)%3==0:
                        Molecules.append(H2O)
                        print(i+1,H2O.XYZ_Coords)
                        j=0

      print(Molecules.XYZ_Coords)
      print(Molecules.XYZ_Coords)


在print(i+1,H2O.XYZ_Coords)这一句，可以看到得到的是不同原子的坐标，没有问题。但是在最后打印Molecules.XYZ_Coords时，(i=0,1),打印出的还是最后一个append的H2O的坐标。

永恒的蓝色梦想 发表于 2020-8-8 12:02:04

lqhenwunai 发表于 2020-8-8 11:59
谢谢！我把 XYZ_Coords 和Atoms都放到init里定义，然后有以下调用：

      Molecules=[]


麻烦把所有代码都发出来，而且请用代码格式发
https://fishc.com.cn/thread-52272-1-1.html

lqhenwunai 发表于 2020-8-8 12:05:32

本帖最后由 lqhenwunai 于 2020-8-8 12:09 编辑

永恒的蓝色梦想 发表于 2020-8-8 12:02
麻烦把所有代码都发出来，而且请用代码格式发
https://fishc.com.cn/thread-52272-1-1.html

#!/usr/bin/python3
import sys
import numpy as np
class molecule:
        def __init__(self):
                self.Atoms=[]                                       
                self.XYZ_Coords=np.mat(np.zeros((3,3)))


def Get_dipole_for_each_molecule(Atoms,GeomBlock):
        print("\n")
        print("****WARNING2****: This is only for water")

        Molecules=[]
       
        H2O=molecule()

        NMol=300
        NAtom=len(Atoms)
        H_x_avg=0
        H_y_avg=0
        H_z_avg=0
        j=0

#        tmp_mat=np.mat(np.zeros((3,3)))

        for i in range(NAtom):
                H2O.Atoms.append(Atoms)
#                tmp_mat=GeomBlock               
#                tmp_mat=GeomBlock
#                tmp_mat=GeomBlock
                H2O.XYZ_Coords=GeomBlock
                H2O.XYZ_Coords=GeomBlock
                H2O.XYZ_Coords=GeomBlock
#                H2O.XYZ_Coords=tmp_mat
                j+=1
                if (i+1)%3==0:
                        Molecules.append(H2O)
                        print(i+1,H2O.XYZ_Coords)
                        j=0
                if i==10:
                        break

        print(Molecules.XYZ_Coords)
        print(Molecules.XYZ_Coords)
        for i in range(300):
                pass
#                print(Molecules.Atoms,Molecules.XYZ_Coords)
        #        H_x_avg=H_x_avg+GeomBlock
#                        H_y_avg=H_y_avg+GeomBlock
#                        H_z_avg=H_z_avg+GeomBlock



其中Atoms 是个NAtom 大小的由字符串组成的列表。GeomBlock是一个（NAtom,3)维的由numpy定义的matrix。如果需要的话我就再贴上。只是可能就会比较长...

陈尚涵 发表于 2020-8-8 17:04:48

lqhenwunai 发表于 2020-8-8 12:05
其中Atoms 是个NAtom 大小的由字符串组成的列表。GeomBlock是一个（NAtom,3)维的由numpy定义的matr ...

你这个注释有点让我哭笑不得{:10_250:}

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