[已解决]请问python类中建立的矩阵怎么初始化？

lqhenwunai

比如我有这么一段代码：

class molecule:
        XYZ_Coords=np.mat(np.zeros((3,3)))
        Atoms=[]
        def __init__(self, ？？？？？):
               


请问对于这样的类，我怎么写init函数进行实例化呢？


在之后的函数调用中，我有这么一段代码：
        Molecules=[]
        H2O=molecule()
        for i in range(NAtom):
                H2O.Atoms.append(Atoms)
                H2O.XYZ_Coords[j,0]=GeomBlock[i,0]
                H2O.XYZ_Coords[j,1]=GeomBlock[i,1]
                H2O.XYZ_Coords[j,2]=GeomBlock[i,2]

                j+=1
                if (i+1)%3==0:
                        Molecules.append(H2O)
                        j=0
      
我是想建立一个水分子的对象，每个水分子由三个原子组成。因此在读取每个原子的坐标后，以三个为一组，存到水分子这个对象中，然后将所有水分子对象存到Molecules这个列表中。
但是最后打印出的Molecules.XYZ_Coords，都显示的是最后一个水分子的坐标。因此我觉得是我的molecule这个类没有定义init的缘故。但是我这种情况应该怎么定义init函数呢？




谢谢。

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永恒的蓝色梦想

2020-8-8 11:35:54

1. class molecule:
   
2.         def __init__(self):
   
3.             self.XYZ_Coords = np.mat(np.zeros((3,3)))
   
4.             self.Atoms = []

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永恒的蓝色梦想

1. class molecule:
   
2.         def __init__(self):
   
3.             self.XYZ_Coords = np.mat(np.zeros((3,3)))
   
4.             self.Atoms = []

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永恒的蓝色梦想

麻烦给个最佳啊

lqhenwunai

永恒的蓝色梦想 发表于 2020-8-8 11:35

谢谢！我把 XYZ_Coords 和Atoms都放到init里定义，然后有以下调用：

        Molecules=[]

        H2O=molecule()

        NMol=300
        NAtom=len(Atoms)
        H_x_avg=0
        H_y_avg=0
        H_z_avg=0
        j=0

        for i in range(NAtom):
                H2O.Atoms.append(Atoms)

                H2O.XYZ_Coords[j,0]=GeomBlock[i,0]
                H2O.XYZ_Coords[j,1]=GeomBlock[i,1]
                H2O.XYZ_Coords[j,2]=GeomBlock[i,2]

                j+=1
                if (i+1)%3==0:
                        Molecules.append(H2O)
                        print(i+1,H2O.XYZ_Coords)
                        j=0

        print(Molecules[0].XYZ_Coords)
        print(Molecules[1].XYZ_Coords)


在print(i+1,H2O.XYZ_Coords)这一句，可以看到得到的是不同原子的坐标，没有问题。但是在最后打印Molecules.XYZ_Coords时，(i=0,1),打印出的还是最后一个append的H2O的坐标。

永恒的蓝色梦想

lqhenwunai 发表于 2020-8-8 11:59
谢谢！我把 XYZ_Coords 和Atoms都放到init里定义，然后有以下调用：

        Molecules=[]

麻烦把所有代码都发出来，而且请用代码格式发
https://fishc.com.cn/thread-52272-1-1.html

lqhenwunai

永恒的蓝色梦想 发表于 2020-8-8 12:02
麻烦把所有代码都发出来，而且请用代码格式发
https://fishc.com.cn/thread-52272-1-1.html

1. #!/usr/bin/python3
   
2. import sys
   
3. import numpy as np
   
4. class molecule:
   
5.         def __init__(self):
   
6.                 self.Atoms=[]                                       
   
7.                 self.XYZ_Coords=np.mat(np.zeros((3,3)))
   
8. 
   
9. 
   
10. def Get_dipole_for_each_molecule(Atoms,GeomBlock):
    
11.         print("\n")
    
12.         print("****WARNING2****: This is only for water")
    
13. 
    
14.         Molecules=[]
    
15.        
    
16.         H2O=molecule()
    
17. 
    
18.         NMol=300
    
19.         NAtom=len(Atoms)
    
20.         H_x_avg=0
    
21.         H_y_avg=0
    
22.         H_z_avg=0
    
23.         j=0
    
24. 
    
25. #        tmp_mat=np.mat(np.zeros((3,3)))
    
26. 
    
27.         for i in range(NAtom):
    
28.                 H2O.Atoms.append(Atoms[i])
    
29. #                tmp_mat[j,0]=GeomBlock[i,0]               
    
30. #                tmp_mat[j,1]=GeomBlock[i,1]
    
31. #                tmp_mat[j,2]=GeomBlock[i,2]
    
32.                 H2O.XYZ_Coords[j,0]=GeomBlock[i,0]
    
33.                 H2O.XYZ_Coords[j,1]=GeomBlock[i,1]
    
34.                 H2O.XYZ_Coords[j,2]=GeomBlock[i,2]
    
35. #                H2O.XYZ_Coords=tmp_mat
    
36.                 j+=1
    
37.                 if (i+1)%3==0:
    
38.                         Molecules.append(H2O)
    
39.                         print(i+1,H2O.XYZ_Coords)
    
40.                         j=0
    
41.                 if i==10:
    
42.                         break
    
43. 
    
44.         print(Molecules[0].XYZ_Coords)
    
45.         print(Molecules[1].XYZ_Coords)
    
46.         for i in range(300):
    
47.                 pass
    
48. #                print(Molecules[i].Atoms[i],Molecules[i].XYZ_Coords)
    
49.         #        H_x_avg=H_x_avg+GeomBlock[i,0]
    
50. #                        H_y_avg=H_y_avg+GeomBlock[i,1]
    
51. #                        H_z_avg=H_z_avg+GeomBlock[i,2]
    
52. 
    

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其中Atoms 是个NAtom 大小的由字符串组成的列表。GeomBlock是一个（NAtom,3)维的由numpy定义的matrix。如果需要的话我就再贴上。只是可能就会比较长...

陈尚涵

lqhenwunai 发表于 2020-8-8 12:05
其中Atoms 是个NAtom 大小的由字符串组成的列表。GeomBlock是一个（NAtom,3)维的由numpy定义的matr ...

你这个注释有点让我哭笑不得