pythonstudy2023 发表于 2023-3-20 18:28:16

flye求指导

有无大佬知道怎么用flye

isdkz 发表于 2023-3-20 18:32:14

1、安装Flye模块:可以使用pip安装Flye模块,命令如下:

pip install flye

2、导入Flye模块:在Python脚本中导入Flye模块:

import flye

3、运行Flye组装:使用以下代码来运行Flye组装:

assembly = flye.assemble("input_reads.fastq", out_dir="output_directory")

其中,input_reads.fastq是输入的FASTQ格式长读长数据文件名,output_directory是Flye将输出文件放置的目录。运行完成后,Flye将返回组装后的序列。

4、解析结果:完成后,你可以使用基因组分析工具来评估组装结果的质量,并进一步分析你的数据。

Flye的Python模块可以使用更多的选项和参数来优化组装结果。你可以查看Flye的文档以了解更多信息。

歌者文明清理员 发表于 2023-3-20 18:51:22

isdkz 发表于 2023-3-20 18:32
1、安装Flye模块:可以使用pip安装Flye模块,命令如下:




这语气{:10_334:}

isdkz 发表于 2023-3-20 18:52:20

歌者文明清理员 发表于 2023-3-20 18:51
这语气

没毛病

歌者文明清理员 发表于 2023-3-20 18:54:05

isdkz 发表于 2023-3-20 18:52
没毛病

好吧可能是误会
因为编程学的深入一点就会这样
我昨天去了图书馆(看 python),看到有一位大佬全片用的这种语气
确实我发现自己有时候也会用
应该是误会,对不起

pythonstudy2023 发表于 2023-3-21 09:07:17

isdkz 发表于 2023-3-20 18:32
1、安装Flye模块:可以使用pip安装Flye模块,命令如下:




感谢大佬,这个pip换成conda怎么样,我看好多都是conda安装的

isdkz 发表于 2023-3-21 10:02:11

pythonstudy2023 发表于 2023-3-21 09:07
感谢大佬,这个pip换成conda怎么样,我看好多都是conda安装的

换成 conda 也可以

pythonstudy2023 发表于 2023-3-21 10:39:07

isdkz 发表于 2023-3-21 10:02
换成 conda 也可以

大佬,PackagesNotFoundError: The following packages are not available from current channels:,这种情况咋办,装不上好像

isdkz 发表于 2023-3-21 11:25:02

pythonstudy2023 发表于 2023-3-21 10:39
大佬,PackagesNotFoundError: The following packages are not available from current channels:,这种 ...

我搜了一下,好像搜不到这个库,你确定 python 有 flye 这个库吗?

isdkz 发表于 2023-3-21 11:27:11

pythonstudy2023 发表于 2023-3-21 10:39
大佬,PackagesNotFoundError: The following packages are not available from current channels:,这种 ...

不知道是不是被下架了,你换一种方式安装把:

https://blog.csdn.net/qq_50637636/article/details/122223105

pythonstudy2023 发表于 2023-3-21 14:49:50

isdkz 发表于 2023-3-21 11:27
不知道是不是被下架了,你换一种方式安装把:

https://blog.csdn.net/qq_50637636/article/details/12 ...

好的,我试试

pythonstudy2023 发表于 2023-3-21 16:32:00

isdkz 发表于 2023-3-21 11:27
不知道是不是被下架了,你换一种方式安装把:

https://blog.csdn.net/qq_50637636/article/details/12 ...

我用git装,make指令出问题了,这个是不是得用linux系统

match123_xbd 发表于 2023-4-7 17:51:09

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