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python 问题麻烦最帅的大神求助

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发表于 2021-2-15 16:26:00 | 显示全部楼层 |阅读模式

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代码一
import re
# Open a sample fastq file for reading
filename = '/scratch/SampleDataFiles/Sample.R1.fastq'
with open(filename, 'r') as read_sample:
    for line in read_sample:
        # get rid the hidden new line character
        line = line.rstrip()
        if re.match('^[ATGCN]+$', line):
            # Print the line
            print(line)

代码二

seq = 'GCCGGCCCTCAGACAGGAGTGGTCCTGGATGTGGATG'
kmer_length = 6
kmer_dictionary = {}
stop = len(seq) - kmer_length + 1
aip_kmers = open("newlines1.txt", 'w')
for start in range(0, stop):
    kmer = seq[start:start + kmer_length]
    if kmer in kmer_dictionary:
        kmer_dictionary[kmer] += 1
    else:
        kmer_dictionary[kmer] = 1
t = "\t"
for kmer in kmer_dictionary:
    count = kmer_dictionary[kmer]
    out = (kmer, str(count))
    print(t.join(out))
    kmer1 = "t.join(out)"
    aip_kmers.write(t.join(out) + "\n")
    print(kmer1)

请问大神,代码一会得到非常多的数据, 请问如何把代码一大量的data代入到代码二开头的seq=“ ”里面
想知道小甲鱼最近在做啥?请访问 -> ilovefishc.com
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发表于 2021-2-15 16:49:13 | 显示全部楼层
seq = data
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