python代码

不熟lan · 发表于 2021-8-19 11:49:32

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求助大佬们，现我有个fasta文件，里面是同一ID对应不同的序列，我需要根据里面的相同ID提取出不同序列并自动生成以此ID命名的文件里，怎样用python实现啊？刚开始学python，无从下手~~
>FA-Oe9L01-01
TCGTTTTGGTATTTTCTCTTTTGTCTTTTA
>FA-Oe9L01-01
TCGTTTTGGTATTTTCTCTTTTGTCTTTAA
>FA-Oe9L01-01
TCGTTTTGGTATTTTCTCTTTTGTCTTTTA
>FA-Oe9L01-03
GATGTGCACATAGAGATGTCTTACTGCACC
>FA-Oe9L01-03
GATGTGCACATAGAGATGTCTTACTGCAGC
>FA-Oe9L01-03
GATGTGCACATAGAGATGTCTTACTGCACC
>FA-Oe9L01-03
GATGTGCACATAGAGATGTCTTACTGCACA

3236654291 · 发表于 2021-8-19 14:19:44

我试试吧

不熟lan · 发表于 2021-8-19 14:34:21

3236654291 发表于 2021-8-19 14:19
我试试吧

啊~~非常感谢

3236654291 · 发表于 2021-8-19 15:23:55

你好啊

3236654291 · 发表于 2021-8-19 15:24:50

>FA-Oe9L01-01
你是想要把这个当成文件名吗

3236654291 · 发表于 2021-8-19 16:05:44

文本文档不可以用>命名

不熟lan · 发表于 2021-8-19 16:09:01

这个> 不需要，就要后面那个就行

不熟lan · 发表于 2021-8-19 16:09:35

那个只是原始文件的的格式

3236654291 · 发表于 2021-8-19 16:14:41

3236654291 · 发表于 2021-8-19 16:17:15

import re
with open('2021.8.19.txt','r') as f:
content = f.read()
content = content.split('\n')[:-1]
a = []
b = []
for i in range(len(content)):
if '>' in content[i]:
a.append(content[i])
else:
b.append(content[i])
print(content[i])
lst = []
for el in a:
if lst.count(el) < 1:
lst.append(el)
num = []
for i in range(len(lst)):
num.append(a.count(lst[i]))
c = []
c.append(b[:num[0]])
c.append(b[num[0]:])
for i in range(len(lst)):
for each in range(len(c[i])):
with open(lst[i] + '.txt', 'a') as f:
f.write(c[i][each] + '\n')

复制代码

实在是头晕，结果不对，但应该可以给你个参考
我有空再看看

3236654291 · 发表于 2021-8-19 16:17:50

这个代码行不通，我之后再改善，现在只能给你参考

不熟lan · 发表于 2021-8-19 16:18:49

好的，已经非常感谢了~~

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