[已解决]为什么总是提示找不到文件呢。。。。。

三与七之间

这是我在学习Biopython中遇到的一个问题


我是打算练习一下上面这几句代码来着，里面具体的SeqIO和SeqIO.read究竟是什么意义就不多说啦，涉及到生信里面的一些概念。。。。我的困惑其实很简单，record = SeqIO.read("NC_005816.fna", "fasta")这句代码就是以fasta格式读取NC_005816.fna，但是他没有加任何路径啊，意思就是说要把NC_005816.fna放到python的默认工作文件夹下才可以是不是？出于我是在Ubuntun虚拟机里安装的python3.5， 所以就去看了一下瞅了一下路径，如下图：



于是乎我就打算把NC_005816.fna放到/usr/bin/里面，但是系统不让我粘贴复制，所以我就换了个法子：



可是。。。。终端提示我说文件不存在。。。。。。可他明明就在桌面上啊！！！如下图！


难道说是因为这个文件不是我下载的，而是自己创建的就不能被发现吗？？就连用python的open（）命令也是提示我文件不存在。。。。。

甚至我在桌面打开python然后再去重复上面的几句命令，还是不行，如下图：


然后这不是提示我说with open(handleish,mode,**kwargs) as fp:吗，我就试了试，不知道是我写错了还是啥，反正。。。。也不行，如下图：



这就让我很尴尬了。。。。。。。。究竟是哪里出了问题呢。。。。。。

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sky

2018-1-29 10:40:28

三与七之间 发表于 2018-1-29 10:36
@sky 好像木有错。。。。

哦 这就对了
人家要的是handle 你传的是文件路径
要传给文件句柄

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sky

确实不应该的 你可以用os模块的listdir看看
还有一种可能 用绝对路径试试
还有可能文件的问题 ls -l看看文件属性 权限什么的
用os.stat看看文件属性
或者用编辑器打开文件看看 文件有没有问题

好像是dna序列

三与七之间

sky 发表于 2018-1-29 10:06
确实不应该的 你可以用os模块的listdir看看
还有一种可能 用绝对路径试试
还有可能文件的问题 ls -l看看 ...

好的，我试试，至于文件内容嘛，嘿嘿，原本是要从网上下载那个文件的，但是人家提供的下载链接失效了，所以我干脆自己创建了，把里面的文本内容粘贴进去，然后把文件名改成NC—005816.fna，会是这个问题吗？？其实这个文件内容很简单：
序列以大于号开头，且只包含一条序列:
>gi|45478711|ref|NC_005816.1| Yersinia pestis biovar Microtus ... pPCP1, complete sequence
TGTAACGAACGGTGCAATAGTGATCCACACCCAACGCCTGAAATCAGATCCAGGGGGTAATCTGCTCTCC
...

sky

三与七之间 发表于 2018-1-29 10:23
好的，我试试，至于文件内容嘛，嘿嘿，原本是要从网上下载那个文件的，但是人家提供的下载链接失效了，所 ...

如果是文本文件应该是可以的

但这种格式的文件我不了解, 不过即使文件有问题也不应该找不到文件呀

你help()一下那个SeqIO.read方法看看是不是参数传错了 用关键字参数试试

sky

NC_005816.zip (3.39 KB, 下载次数: 3)

2018-1-29 10:34 上传

点击文件名下载附件

三与七之间

@sky 好像木有错。。。。

三与七之间

sky 发表于 2018-1-29 10:34

你是让我拿这个文件试试嘛

sky

三与七之间 发表于 2018-1-29 10:36
@sky 好像木有错。。。。

哦 这就对了
人家要的是handle 你传的是文件路径
要传给文件句柄

三与七之间

sky 发表于 2018-1-29 10:34

哎呀！！就是文件的问题，我的文件有问题。。。。话说你这个文件是从哪里下的啊？

sky

三与七之间 发表于 2018-1-29 10:44
哎呀！！就是文件的问题，我的文件有问题。。。。话说你这个文件是从哪里下的啊？

biopython文档里的链接 貌似是github上的

三与七之间

sky 发表于 2018-1-29 10:40
哦 这就对了
人家要的是handle 你传的是文件路径
要传给文件句柄

额。。。。。好吧。。。。。嘻嘻，谢谢啦

三与七之间

sky 发表于 2018-1-29 10:45
biopython文档里的链接 貌似是github上的

叩谢～～～