[已解决]写的代码总提示string index out of range

pengt

import re
import os
import math
spli_segments=[]
nonspli_segments=[]
def get_segments(Trainingset_path):
        for file in os.listdir(Trainingset_path):
                file_path=os.path.join(Trainingset_path,file)
                with open(file_path,'r')as input:
                        i=0;
                        sequence=''
                        for line in input.readlines():
                                i+=1
                                if(i==1):
                                        continue
                                elif(i==2):
                                        positions=re.findall(r'.*?\.+(\d+)',line)
                                else:
                                        line=line.strip()
                                        sequence+=line
                        for position in positions:
                                x=int(position)
                                segment=sequence[x-3:x+6]
                                if(re.search(r'[^atcg]', segment) == None):
                                        spli_segments.append(segment)
                        while((i+9)<len(sequence)):
                                segment=sequence[i:i+9]
                                if (re.search(r'[^atcg]', segment) == None) and len(segment)==9 and i+3 not in positions:
                                        nonspli_segments.append(segment)
                                i += 1000
        return spli_segments,nonspli_segments

spli_segments,nonspli_segments=get_segments('/home/pengt/project1/Training Set')
print len(spli_segments)
print len(nonspli_segments)
coding_dic={'a':[0,0,0,1], 't':[0,0,1,0], 'c':[0,1,0,0], 'g':[1,0,0,0]}
index = range(1,37)
with open('trainingdata', 'w') as f:
        for segment in spli_segments:
                coding_value = []
                line = '1'
                for i in range(9):
                        coding_value += coding_dic[segment[i]]
                for i in range(36):
                         line+=' '+str(index[i])+':'+str(coding_value[i])
                line += '\n'
                f.write(line)
        for segment in nonspli_segments:
                coding_value = []
                line = '-1'
                for i in range(9):
                       coding_value += coding_dic[segment[i]]
                for i in range(36):
                         line+=' '+str(index[i])+':'+str(value[i])
                line += '\n'
                f.write(line)
f.close()



IndexError: string index out of range

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塔利班

2018-4-12 21:31:44

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pengt

提示是这里出错了
coding_value += coding_dic[segment[i]]

pengt

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