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[已解决]关于提高while循环速度的问题

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发表于 2018-8-15 16:30:29 | 显示全部楼层 |阅读模式

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首先,感谢论坛里的各位前辈在百忙中垂阅我的贴子,小弟感激不尽~
问题如下:
最近在使用Python做聚类,需要求欧式距离,这倒不是什么难事,有现成的库函数可以调用。关键就在于我的数据量较大,最小的一个点集文件,都有36311个点,要求出两两之间的距离,我是使用2个while循环嵌套来进行计算,发现耗时极长,想让各位前辈看看怎么改进一下,代码如下:
  1. from scipy.spatial import distance
  2. import numpy as np

  3. #load data
  4. file=open("L:\CFSFDP1\Year_2006.txt",'r')
  5. outFile = open("L:\CFSFDP1\Distances_2006.txt",'w')
  6. lines=file.readlines()
  7. rows=len(lines)

  8. Point_Set=np.zeros((rows,2))

  9. row=0
  10. for line in lines:
  11.     line=line.strip().split(',')
  12.     Point_Set[row,:]=line[:]
  13.     row+=1

  14. i = 0
  15. while i < rows:
  16.     j = i + 1
  17.     while j <  rows:
  18.         Distances = distance.euclidean(Point_Set[i], Point_Set[j])
  19.         newline = str(i) + ',' + str(j)  + ',' +str(Distances) + '\n'
  20.         outFile.write(newline)
  21.         print(newline)
  22.         j+=1
  23.         if j > rows:
  24.             break
  25.             j = i + 1
  26.     i+=1
复制代码


点集文件如下所示啦:每行代表一个点,XY坐标用逗号隔开
我处理完,输出的格式是:“0,1,distances”
我的代码中使用了scipy.spatial.distance.euclidean函数,下面是它的一个示例:
>>> from scipy.spatial import distance
>>> distance.euclidean([1, 0, 0], [0, 1, 0])
1.4142135623730951
>>> distance.euclidean([1, 1, 0], [0, 1, 0])
1.0

最后,感谢您花时间阅读我的帖子,谢谢你们,小弟刚刚起步,还请各位前辈多多指教~

每行代表一个点,XY坐标用逗号隔开

每行代表一个点,XY坐标用逗号隔开

Year_2006.txt

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发表于 2018-8-15 16:31:37 | 显示全部楼层    本楼为最佳答案   
@jit装饰器,参考:
https://fishc.com.cn/thread-90726-1-1.html
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 楼主| 发表于 2018-8-15 16:40:37 | 显示全部楼层
无符号整形 发表于 2018-8-15 16:31
@jit装饰器,参考:
https://fishc.com.cn/thread-90726-1-1.html

我去学习一下,谢谢~
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