python判断某个数值是否在区间范围内

不二不幸福

有两个输入文件，一个是数值点文件probe.txt，共76行，格式如下：
chr1    13828906        13828907        rs7520386       0       +
chr1    88923260        88923261        rs7532151       0       +
chr1    107441475       107441476       rs776284        0       +

另一个文件input.bam，有很多行，每一行有一个start、end，现在就是想统计在input.bam里面分别有多少行能覆盖到probed.txt中的每一个点，最后的输出格式是：
chr1    13828906        13828907        rs7520386       0       +    12
chr1    88923260        88923261        rs7532151       0       +    8
chr1    107441475       107441476       rs776284        0       +    3

然后我的代码是：

1. import pysam
   
2. import pandas as pd
   
3. 
   
4. start =time.clock()
   
5. f1 = pysam.AlignmentFile("input.bam", 'rb')
   
6. f3 = open("probe.txt",'r')
   
7. df = pd.read_table("probe.txt",header=None)
   
8. snp=[0] * 76
   
9. flags = [99,83]
   
10. 
    
11. def judge_range(line):
    
12.     chr = line.reference_name
    
13.     flag = line.flag
    
14.     start = int(line.pos + 1)
    
15.     end = int(start) + int(line.isize)
    
16.     f3 = open('probe.txt','r')
    
17.     col = 0
    
18.     for i, region in enumerate(f3):
    
19.         S = region.split("\t")[1]
    
20.         CHR = region.split("\t")[0]
    
21.         if chr == CHR and S in range(start,end):
    
22.             col = i
    
23.         else:
    
24.             continue
    
25.     return(col)
    
26.          
    
27. for line in f1:
    
28.     flag = line.flag
    
29.     if flag in flags:
    
30.         col = judge_range(line)
    
31.         snp[col] = snp[col] + 1
    
32.     else:
    
33.         continue
    
34. data = pd.DataFrame(snp)
    
35. data.rename(columns={0:'align_number'},inplace=True)
    
36. df1 = pd.concat([df,data],axis=1,ignore_index=True)
    
37. df1.to_csv('result.txt',header=False)

复制代码

请问一下这个代码该怎么修改才能提高运行效率，probe.txt文件只有76行，input.bam里面有上千万行，我现在写的这个一直在跑，就是跑不出结果。。。。。。。。。

喜欢吃菠菜

请贴出文件probe.txt和input.bam