判断一段范围是否包含某一点

不二不幸福

数据test.txt格式如下：
E00500:309:HTTVJCCXY:8:1104:3579:37541|TTTTACCT        99        chr1        10001        30        1S105M1I34M        =        10106        143        CTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCCAACCCTAACCCTAACCCTAACCCCACCCCTAACCCCACCCCTAACCCTAACCCTA        JJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJFJJJJJJJJJJFFJ7F<AFJF<A<FFFJFAJJAA<AJAFAA7A<FAA7F7F-7<J<J7--F<A-7<AA--77<<--A---7A--7-----777---A---7AJF--7        NM:i:5        MD:Z:84T24A9T1A17        AS:i:112        XS:i:111        RG:Z:L008

这是其中一行，需要用到的就第2列（99）、第3列（chr1）、第4列（10001）、第9列（143），现在要通过这几列来过滤test.txt，条件如下：
①第二列只能等于99或83
②在这一行中，chr=chr1，start=10001，end=start+143（第九列的值也有可能是负数，所以需要取绝对值），另外有一个位点数据，site.txt，格式如下：
chr1        13828906        13828907        rs7520386        0        +
chr1        88923260        88923261        rs7532151        0        +
chr2        107441475        107441476        rs776284        0        +

每一行是一个点，且彼此没有重叠的部分，在chr相同的情况下，我要统计每一行的点到底被多少test.txt中的范围所包含。最后的结果应该在site.txt的后面加一列，例如：
chr1        13828906        13828907        rs7520386        0        +    2
代表test.txt中的范围包含这一个点的有2行。

test.txt文本非常大，有几百万行，而site.txt就只有70几行，我自己想的办法如下：

1. import pandas as pd
   
2. f1 = open('test.txt','r')
   
3. df = pd.read_table('site.txt',header=None)
   
4. snp=[0] * 76
   
5. flags = [99,83]
   
6. 
   
7. # define a function to judge the aligned reads if belong to these target region
   
8. def judge_range(line):
   
9.     chr = line.split("\t")[2]
   
10.     flag = line.split("\t")[1]
    
11.     start = line.split("\t")[3]
    
12.     insert = line.split("\t")[8]
    
13.     end = int(start) + int(abs(insert))
    
14.     f3 = open('site.txt','r')
    
15.     for i, region in enumerate(f3):
    
16.         S = region.split("\t")[1]
    
17.         CHR = region.split("\t")[0]
    
18.         if chr == CHR and S in range(start,end):
    
19.             snp[i] = snp[i] + 1
    
20.         else:
    
21.             continue
    
22. 
    
23. # define main function
    
24. for line in f1:
    
25.     flag = line.split("\t")[1]
    
26.     if flag in flags:
    
27.         judge_range(line)
    
28.     else:
    
29.         continue
    
30. data = pd.DataFrame(snp)
    
31. data.rename(columns={0:'align_number'},inplace=True)
    
32. df1 = pd.concat([df,data],axis=1,ignore_index=True)
    
33. df1.to_csv(sys.argv[3],header=False)

复制代码

不知道为什么，这个代码异常的缓慢，根本运行不出来，请问一下有没有其它什么有效的方法？

不二不幸福

贴几行数据：
E00500:309:HTTVJCCXY:8:2124:22577:62048|ATCTCGTG        99        chr1        10001        36        4S108M1I29M        =        10276        375        ACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTACCCCTAACCCTAACCTTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCAAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCC        JJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJFJJFFJAFFA<JJFF<7-7A----FJ77A-7A-7F-AJ-A-AFA---7JF7-7-7FA<--<FA-FAF-77-FFFF7JJJFA7--77A-7-FAA        NM:i:3        MD:Z:62A14C59        AS:i:120        XS:i:117        RG:Z:L008
E00500:309:HTTVJCCXY:8:2215:28087:25921|TGATGGTG        99        chr1        10001        0        110M        =        10000        107        TAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCAA        JJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJ<AJFJ-7-A        NM:i:0        MD:Z:110        AS:i:110        XS:i:108        RG:Z:L008
E00500:309:HTTVJCCXY:8:1109:6867:14793|ATCTCGTG        147        chr1        10002        0        46S101M        =        10003        -100        CACCAACACCCTACACCACGCCCTCCCGCGCTATCGCGCCCACACCAACCCCAACCCGAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTATCCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCC        F-7--)777-7----7--7-7-7-A77---7--7--7-7--AA-A-JJF7-7--FF7---J<<7<7<7A-7JJ7<--AF<7--<JA<---JFFA<-F<<-<<FA7--AFAA-7FFFAFAAJJFFF<JFFJJJJ<FFF7JJFFFAFAA        NM:i:3        MD:Z:5T5T37A51        AS:i:86        XS:i:86        RG:Z:L008
E00500:309:HTTVJCCXY:8:1204:5122:54770|ATCTCGTG        147        chr1        10002        0        2S107M        =        10003        -106        CGAACCCTATCCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTATCCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCC        J-A-<7A---<FFA--AAF-JJF-AF7-7J<7-FJJJJF-FJFF7-JJJF<-JFJJAF<F<7--JFF-<-FFJF<-AJJJA-FJJJJFJJJJJFJJJFJJFJJJFFAAA        NM:i:2        MD:Z:7A41A57        AS:i:97        XS:i:97        RG:Z:L008
E00500:309:HTTVJCCXY:8:1109:6867:14793|ATCTCGTG        99        chr1        10003        0        108M34S        =        10002        100        ACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCCAACCCAAAACGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACTT        FJJJJAJJJJJJFFJJJFJJJJJJJFFJJJJJFFJJJJJJJ7<JJFAJJFFJ7JJJJFJJAF-F-<7A7AAJAJAJ-FA<FJAJF7AJJ--77F7A<JJJ-J-F<F--A7-7-<-7----7A7A777AF7FAF7----FF-7        NM:i:1        MD:Z:100T7        AS:i:103        XS:i:101        RG:Z:L008
E00500:309:HTTVJCCXY:8:1201:22546:48318|GCGTATTT        99        chr1        10003        0        82M        =        10106        147        ACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCC        JJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJFJJFJJFJJFAJ-F<AJFJFJJA<7F<J<AJ-7FJ7<7FJJJ-F-<FA        NM:i:0        MD:Z:82        AS:i:82        XS:i:82        RG:Z:L008
E00500:309:HTTVJCCXY:8:1204:5122:54770|ATCTCGTG        99        chr1        10003        0        111M        =        10002        106        ACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCAAACC        JJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJFJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJFJJJJAFJAJ-F-FFF--AAF        NM:i:1        MD:Z:108C2        AS:i:108        XS:i:106        RG:Z:L008
E00500:309:HTTVJCCXY:8:1213:9475:17342|ATCTCGTG        99        chr1        10003        0        105M1I36M        =        10088        117        ACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCTCAACCGTAACACTAACTCTAACTCTAGCCCTAACCC        JJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJFJFJJFFFF7FF7A-FF-FJJJJ7-F-FF--AAAJ--7-----7-<A--A-----7-7--77<J---7--77-A-777        NM:i:6        MD:Z:110C4C5C5C3A9        AS:i:109        XS:i:108        RG:Z:L008
E00500:309:HTTVJCCXY:8:1221:13910:27345|GCGTATTT        99        chr1        10003        0        105M        =        10273        377        ACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACC        JJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJFJJJJJJJJJJJJJ<JJJJFFFFFJJFFFFFAJ<AAFJF77AJJAJFFFFF<FFFJF-A<JJJ<FAJFJFJJ        NM:i:0        MD:Z:105        AS:i:105        XS:i:105        RG:Z:L008
E00500:309:HTTVJCCXY:8:2211:25256:68271|ATCTCGTG        99        chr1        10003        22        76M6I27M1I32M        =        10082        147        ACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTACCCCTAACCCCACCCGTCACCCTAACCCTAACCCTACCCCCAACCCCAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCC        JJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJFJJFJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJ<FJFF-7FJ<<-7F--F-----7-7--7<-7-7A---7-A-<-777--7--A<--7-F---7-7-A-<F-<7-7F<F--AF<FF-7FFFJ        NM:i:11        MD:Z:66A10A18A3T34        AS:i:96        XS:i:95        RG:Z:L008
E00500:309:HTTVJCCXY:8:2107:5903:35590|CCCTATTT        99        chr1        10004        0        104M32S        =        10105        145        CCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCATAATCGTAACTCTAATCCTAAGCCCCAGCCT        JJJJAFFFJJFJJJJJJJJJJJJJJFJJFJJJFFJFFJJFFJJA7FJJJJF7AFAA7FJJJJ--<F<FFAJJ7A-<-77<AF-JJJFJ-<AJ-A---AJ-7--<----7-7-------<F-7<--A7A--7A-7A<        NM:i:0        MD:Z:104        AS:i:104        XS:i:106        RG:Z:L008
E00500:309:HTTVJCCXY:8:1102:25804:53574|ATCTCGTG        147        chr1        10004        0        30S80M13S        =        10009        -75        CCCTACCCGACACCCTTACGCTCATGCGGTCCCTAGCCCTAACCCTAACCCTTACCCTATCCCTAACCCTGACCCTATCCCTAACCCTAACCCTAACCCTAGCCCTAACCAGACTTCCAGATC        JFFA-7-77-7-F<A7--7-<A7---7--------7---A-A---77--7---<7--<----7JJF777--<-<----7<--7--<7--F-A<<--JJF7--7<-7--<A7-A7---<---AA        NM:i:6        MD:Z:5A16A6A10A6A23A8        AS:i:50        XS:i:50        RG:Z:L008
E00500:309:HTTVJCCXY:8:1206:14022:62804|TTCTATGC        147        chr1        10004        0        56S93M        =        10005        -92        CTCTCTCCCCCTACCCCTCTCTCTCCCTCTCACCCTATCCCTAACCCTCCCCCTCCCCCTACCCCTAACCCTACCCCTACCCCTCACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCC        --7)-))<7))--77-7-A-7-<-A-7-<7--7-7-------7--<7---FFF7--A-7---A7A7--J-7--AA77---F7777-A-<--<F-JFF<FA<<<-JJJJJFJJFJF<JJJJFFJJFJFJJJJJJJJJFJJJJJFJFFFAA        NM:i:4        MD:Z:5A11A5A4A64        AS:i:73        XS:i:78        RG:Z:L008
E00500:309:HTTVJCCXY:8:2222:24474:30140|GTTTCTTT        83        chr1        10004        0        45S96M        =        10011        -89        CGAGCTGACTAAGAAACTGGAGCTCAGACGTGTGCTCTACCCATCCCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAA        7<<7-77--7-77---77--7---7---A--7-7<<-<-77--7-FJJ<JJJJJFJFJFJAJFJJJFJFJJJFJJJJJFJJJJJFFFJJJJJFJJJFJJJJJJJJJJJJJJJJJJJFJJJJJJJJJJJJJJJJFJJJJJJJ        NM:i:0        MD:Z:96        AS:i:96        XS:i:97        RG:Z:L008
E00500:309:HTTVJCCXY:8:1123:2737:66953|ATCTTCTA        163        chr1        10005        0        26S86M        =        10026        120        ACGACGCTCTTCCGATCTTATTCCCGCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAAACCTAACCC        AAFFFFJFJJJJ-JFJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJFFFFJFJJFJFJJJJJJJJJJJJFJFJJJJ-7-<<FFJ-7FJJJFJJJF7FJJFAFJJJJFF<7-A--A-AA7A7F        NM:i:1        MD:Z:77C8        AS:i:81        XS:i:81        RG:Z:L008
E00500:309:HTTVJCCXY:8:1206:14022:62804|TTCTATGC        99        chr1        10005        0        103M1I37M        =        10004        92        CCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCGCAACCCTAACCCCAACCCTAACCCTAACCATAACCCT        JJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJFJJJJJFFJJ<JFJJJFAF7<AJFFJF<JJJ7JFJJA<AFJJJJ-AJJAFJ-FF--77F<--AFJJA-7FF7-7<-AA7<-AA---7-7--A        NM:i:3        MD:Z:115T16C7        AS:i:123        XS:i:121        RG:Z:L008
E00500:309:HTTVJCCXY:8:2108:4371:36873|CAACGGTT        99        chr1        10031        0        78M        =        10293        316        TAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCC        JJJFJFJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJFJJJJFJFFJJJFJJJJJJJJFJJJJJAJJ7FFAJA-F        NM:i:0        MD:Z:78        AS:i:78        XS:i:78        RG:Z:L008
E00500:309:HTTVJCCXY:8:1223:16528:28224|ATCTCGTG        147        chr1        10032        0        77M        =        10033        -76        AACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCC        AFJA7--FFF<<--JJA-<<JFF<<FFAFF<<JFFFFAJJFJJFJJFFJAJJF<JJJJFFFFJJFJJFJJJJFFFAA        NM:i:0        MD:Z:77        AS:i:77        XS:i:77        RG:Z:L008
E00500:309:HTTVJCCXY:8:1223:16528:28224|ATCTCGTG        99        chr1        10033        0        77M1I8M24S        =        10032        76        ACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCAGACCCTAACACCACCCCTCACAACTCCCGTCAC        JJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJFJJJJJFJJJ--77J--7F7---A7-77A--7----7A--A7FJ        NM:i:1        MD:Z:85        AS:i:78        XS:i:78        RG:Z:L008
E00500:309:HTTVJCCXY:8:2123:30675:62540|ATCTCGTG        99        chr1        10033        0        70M72S        =        10352        343        ACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCGGATCGGAATAACACACGTATGAACTCCAGTCACCTAGACAGCACGCATTCCAACTCCAGCCACAAACCATT        JFAFJJJJFJJAJAAJJJ<JFJJJJFFFFJFFJAAAFJ77FFFJFJJJ<JJJJJFFJFJJJJ<7---<AA--77--77--7-77-7<----7-A-7-7-F--<77-7--7A7J7F---7-----7F-A-A----F--7---7        NM:i:0        MD:Z:70        AS:i:70        XS:i:71        RG:Z:L008
E00500:309:HTTVJCCXY:8:2215:11475:51184|CTCATTTC        99        chr1        10034        7        75M1I66M        =        10317        352        CCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTCACCCTAACCCCAACCCCTAACCCCTACCCTAACCCTAACCC        JJJJJJJJJJJJJJJFJJ<JJFAFAAJ-AJA<JA<JFJJAAJ-FJ7AJ<JJ-FJ-JJ7FJ-FJA-F-AJ7FFFJJ<JJA7J-AA7JF<77-77---7-A--A<AA--77AA7---AA7---7AJ<7-77A<----7--FFFJ        NM:i:5        MD:Z:99A10T12T0A16        AS:i:114        XS:i:119        RG:Z:L008
E00500:309:HTTVJCCXY:8:1213:19471:67920|ATCTCGTG        147        chr1        10034        0        110M        =        10027        -117        CCCTATCCCTACCCCCAACCCTAACCCTACCCCTAACCCTACCCCTACCCCTAACCCTACCCCTAACCCTACCCCAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCC        AF777-A7----<A7---JF7-77JFA-7-JJ77<-JJ7-A-JA7-7-FF<-A-JFA7A-JAF<F-JA7-7-FA7-F-JJJJFJJJJJJJJJJJFJJJJJFJJJJFFFAA        NM:i:8        MD:Z:5A5A3T13A11A5A11A11A38        AS:i:70        XS:i:66        RG:Z:L008
E00500:309:HTTVJCCXY:8:2114:4665:54401|GTTCTCTT        147        chr1        10034        0        28S65M        =        10039        -60        CCCTCCCCGACCCTCTCCCCATCCCTTCCCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTA        J77--A-7-AF7F-7--AA7<-F777---J<7A<JJF<AAJJF<FAJJJJJFJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJFAJJJJFFFFFAA        NM:i:0        MD:Z:65        AS:i:65        XS:i:66        RG:Z:L008
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