求助大佬们 AttributeError: 'module' object has no attribute 'TextIOWrapper'

追梦人生1989

我再运行脚本时候出现这种错误，哪位大佬能给看看，不胜感激
File "lib/python2.7/xml/sax/saxutils.py", line 106, in <module>
    class _UnbufferedTextIOWrapper(io.TextIOWrapper):
AttributeError: 'module' object has no attribute 'TextIOWrapper'

塔利班

代码呢

heidern0612

模块没有这个属性。

追梦人生1989

下面是详细代码（这是一个软件中的一个脚本），谢谢大佬：

#!/usr/bin/env python
import sqlite3
from Bio import SeqIO
import argparse
import os

parser = argparse.ArgumentParser()
parser.add_argument("fasta_name", help="Input fasta file name")
args = parser.parse_args()
fasta_file = args.fasta_name

if os.path.isfile("{0}.db".format(fasta_file)):
    os.system('rm {0}.db'.format(fasta_file))

conn = sqlite3.connect('{0}.db'.format(fasta_file))
c = conn.cursor()       
c.execute('''DROP TABLE IF EXISTS reads''')
conn.commit()
c.execute('''CREATE TABLE reads
                     (idx integer,name text,name_fasta text, sequence text, noncoding_cpat integer, noncoding_plek integer, blasr_match integer)''')
conn.commit()       

print 'Writing fasta to db...'

count = 0
for record in SeqIO.parse(fasta_file,'fasta'):
    if len(record.seq)>200:
        count+=1
        c.execute("insert into reads values (?,?,?,?,?,?,?)", (count,record.description,record.name.upper(), str(record.seq), 0, 0, 0))
        conn.commit()

c.execute('''CREATE UNIQUE INDEX idx_seq
on reads(idx);''')
conn.commit()
c.execute('''CREATE UNIQUE INDEX idx_name
on reads(name);''')
conn.commit()
c.execute('''CREATE UNIQUE INDEX idx_name_fasta
on reads(name_fasta);''')
conn.commit()

conn.close()

追梦人生1989

追梦人生1989 发表于 2018-12-23 18:12
下面是详细代码（这是一个软件中的一个脚本），谢谢大佬：

#!/usr/bin/env python

详细报错信息如下

Traceback (most recent call last):
  File "/export/software/ISO/lncrnas_pipeline/send_fasta_to_db.py", line 3, in <module>
    from Bio import SeqIO
  File "/export/software/ISO/anaconda2/lib/python2.7/site-packages/Bio/SeqIO/__init__.py", line 386, in <module>
    from . import SeqXmlIO
  File "/export/software/ISO/anaconda2/lib/python2.7/site-packages/Bio/SeqIO/SeqXmlIO.py", line 19, in <module>
    from xml.sax.saxutils import XMLGenerator
  File "/export/software/Bases/Python/v2.7.15/lib/python2.7/xml/sax/saxutils.py", line 106, in <module>
    class _UnbufferedTextIOWrapper(io.TextIOWrapper):
AttributeError: 'module' object has no attribute 'TextIOWrapper'

追梦人生1989

heidern0612 发表于 2018-12-23 18:08
模块没有这个属性。

那该如何改正呢，大佬？

wongyusing

你是直接报错呢？
还是说输入后报错？？？

追梦人生1989

wongyusing 发表于 2018-12-23 18:28
你是直接报错呢？
还是说输入后报错？？？

运行这个脚本直接报错 的

命令     python  /export/software/ISO/lncrnas_pipeline/send_fasta_to_db.py


Traceback (most recent call last):
  File "/export/software/ISO/lncrnas_pipeline/send_fasta_to_db.py", line 3, in <module>
    from Bio import SeqIO
  File "/export/software/ISO/anaconda2/lib/python2.7/site-packages/Bio/SeqIO/__init__.py", line 386, in <module>
    from . import SeqXmlIO
  File "/export/software/ISO/anaconda2/lib/python2.7/site-packages/Bio/SeqIO/SeqXmlIO.py", line 19, in <module>
    from xml.sax.saxutils import XMLGenerator
  File "/export/software/Bases/Python/v2.7.15/lib/python2.7/xml/sax/saxutils.py", line 106, in <module>
    class _UnbufferedTextIOWrapper(io.TextIOWrapper):
AttributeError: 'module' object has no attribute 'TextIOWrapper'

wongyusing

你尝试创建一个新虚拟环境
在里面再试试运行

追梦人生1989

wongyusing 发表于 2018-12-23 19:00
你尝试创建一个新虚拟环境
在里面再试试运行

还了新的环境还是  出现同样的问题，我是用miniconda安装的Python  ，莫非跟这个有关？

wongyusing

我刚刚详细的看了一下你的报错信息。  
python2我不是很懂，只是说，你明明已经是anaconda环境了为什么还会用到系统自带的python2.7呢？？？

1. File "/export/software/Bases/Python/v2.7.15/lib/python2.7/xml/sax/saxutils.py", line 106, in <module>
   
2.     class _UnbufferedTextIOWrapper(io.TextIOWrapper):

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