基因序列比较求原创代码

Spirit_zoro

人类基因由4种核苷酸，分别用字母ACTG表示。要求编写一个程序，按以下规则比较两个基因序列并确定它们的相似程度。即给出两个基因序列AGTGATG和GTTAG，它们有多相似呢？测量两个基因相似度的一种方法称为对齐。使用对齐方法可以在基因的适当位置加入空格，让两个基因的长度相等，然后根据基因的分值矩阵计算分数

例：比较AGTGATG与GTTAG
第一种对齐方案为：
首先可以给AGTGATG插入一个空格得：AGTGAT-G
GTTAG插入3个空格即得：-GT--TAG
上面的匹配分值为:-3+5+5+(-2)+(-3)+5+(-3)+5=9.
第二种对齐方案为：
AGTGATG
-GTTA-G
得到的分值为：(-3)+5+5+(-2)+5+(-1)+5=14.
当然还有其它对齐方式，但以上对齐方式是最优的，所以两个基因的相似度就为14。

分值矩阵
    A C G T -
A 5 -1 -2 -1 -3
C -1 5 -3 -2 -4
G -2 -3 5 -2 -2
T -1 -2 -2 5 -1

阴阳神万物主

这等专业知识，烦请详细说明

Spirit_zoro

阴阳神万物主 发表于 2019-11-29 10:57
这等专业知识，烦请详细说明

基因序列比较 - S_hen_的博客 - CSDN博客 https://blog.csdn.net/S_hen_/article/details/86243509
求一个和这个代码不同的代码

Unicorn#

基因的相似分值是怎么算的，没看懂

Unicorn#

分值矩阵都不发，咋做?
这里
    A C G T -
A 5 -1 -2 -1 -3
C -1 5 -3 -2 -4
G -2 -3 5 -2 -2
T -1 -2 -2 5 -1

Spirit_zoro

Unicorn# 发表于 2019-11-29 11:13
分值矩阵都不发，咋做?
这里
    A C G T -

我该手打出来的 谢谢大佬