[已解决]绘制德布鲁因图绘制出来了但报错了

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import numpy as np
# 冗余序列不影响k_mer数量
def getk_mer(str):
    global k
    n = len(str)
    k_mer = []
    step = n - k + 1
    for i in range(step):
        k_mer.append(str[i:i + k])
    return k_mer
# 对这条reads的反向互补序列再取一次Kmer
def getinverst(str):
    return str[::-1]

k = int(input("输入k值："))
seq = input("输入序列：")
list_seq = seq.split(" ")

list_kmer = []
for s in list_seq:
    k_mer = getk_mer(s)
    list_kmer.append(k_mer[:])

new_list = np.array(list_kmer).flatten()   #flatten 扁平化，压成一维
new_list = new_list.tolist()
print(new_list)


list_kmer_inv = []
inverst = getinverst(seq)
list_inv = inverst.split(" ")
# print(inverst)
for i in list_inv:
    k_mer_inv = getk_mer(i)
    list_kmer_inv.append(k_mer_inv[:])

new_list_inv = np.array(list_kmer_inv).flatten()   #flatten 扁平化，压成一维
new_list_inv = new_list_inv.tolist()
print(new_list_inv)

# 将reads分割成若干k_mer,可以统计各k_mer出现的次数，
# 最多的次数为深度，深度可以估计基因组大小

def getdbg(seq):
    global k
    length = len(seq)
    overlap = k - 1
    minigraph = {}
    graph = {}
    for i in range(length):
        if i == length - 1:
            break
        mininode = seq[i][:overlap]
        mininextnode = seq[i][1:overlap + 1]
        node = seq[i][:k]
        nextnode = seq[i + 1][:k + 1]
        if mininode not in minigraph:
            minigraph[mininode] = []
        if node not in graph:
            graph[node] = []
        minigraph[mininode].append(mininextnode)
        graph[node].append(nextnode)
    return minigraph,graph

minigraph = getdbg(new_list)[0]
graph = getdbg(new_list)[1]
print(graph)

# ACTGCCTGACTA
for node in graph:
    print(node, '->', ', '.join(graph[node]))

# print(list(graph.keys())[0],"-->",graph[0],"-->",)

def getnum(dic):
    listlen = []
    for _,value in dic.items():
        m = len(value)
        listlen.append(m)
    return listlen


a = []
n = len(new_list)
listlen = getnum(graph)
keys = list(graph.keys())
lastkey = keys[-1]
lastvalue = graph[lastkey]
# keys.append()

for i in range(n - 1):
    if i == 0:
        temp = keys[0]
        a.append(temp)
        m = keys.index(temp)  # 修改：将该节点在字典中的位置赋值给 m
        t = temp  # 修改：将 temp 赋值给 t（上一节点）
    # if a[-1] == lastvalue:
    #     break
    print('1',t)

    # else:  # 更新变量 t 和 m
    t = a[-1]  # 修改：将 a 的最后一个元素（上一节点）赋值给 t
    # print('1',t)
    m = keys.index(t)  # 修改：将 t 在字典中的位置赋值给 m

    num_kids = listlen[m]  # 该节点的子节点个数
    a.append(graph[t][0])
    if num_kids > 1:
        graph[t].pop(0)
        listlen[m] = num_kids - 1

print(a)


import networkx as nx
import matplotlib.pyplot as plt

# 创建有向图
G = nx.DiGraph()

# 添加节点和边
nodes = a
# nodes1 = ['A', 'B', 'C']
# nodes2 = [1, 2, 3]
edges = [(a[i],a[i + 1])for i in range(len(a) - 1) ]
# edges = [('A', 1), ('B', 2), ('C', 3)]

G.add_nodes_from(nodes)
# G.add_nodes_from(nodes2)
G.add_edges_from(edges)

# 绘制有向图
pos = nx.spring_layout(G) # 设置节点位置
nx.draw_networkx_nodes(G, pos, nodelist=nodes, node_color='r', node_size=500) # 绘制节点1
# nx.draw_networkx_nodes(G, pos, nodelist=nodes2, node_color='b', node_size=500) # 绘制节点2
nx.draw_networkx_labels(G, pos) # 绘制节点标签
nx.draw_networkx_edges(G, pos, edgelist=edges, edge_color='black', arrows=True) # 绘制边

plt.axis('off') # 关闭坐标轴
plt.show() # 显示图形

# CCATCGGTAGCGCATCCTTAGTCCAATTAAGTCCCTATCCAGGCGCTCCGCCGAAGGTCTGCGAGATATAG

nodes = list(graph.keys())
edges = []
for node, targets in graph.items():
    edges.extend((node, target) for target in targets)

# 创建图形对象
fig, ax = plt.subplots(figsize=(10, 10))

# 绘制节点和边
for edge in edges:
    ax.annotate("", xy=(nodes.index(edge[1]), nodes.index(edge[0])), xycoords='data',
                xytext=(0, 10), textcoords='offset points',
                arrowprops=dict(arrowstyle="->", color='black'))

# 绘制节点标签
for i, node in enumerate(nodes):
    ax.annotate(node, xy=(i, 0), xycoords='data',
                xytext=(0, -30), textcoords='offset points',
                ha='center', va='center', fontsize=12, fontweight='bold')

所有print都有，图片也有，但关掉图片之后报错：
Traceback (most recent call last):
  File "E:\Pycharm\pythonProject\ROSALIND\DBG.py", line 154, in <module>
    ax.annotate("", xy=(nodes.index(edge[1]), nodes.index(edge[0])), xycoords='data',
ValueError: 'CTA' is not in list

最佳答案

月排行榜 / 总排行榜

isdkz

2023-9-22 17:48:11

这个错误是由于节点列表nodes中没有包含边列表edges中的某个节点导致的。在这个特定的例子中，节点列表nodes是由字典graph的键组成的，而edges是由字典graph的键和对应值组成的元组列表。因此，出现这个错误的原因是edges中有一个元组包含一个不在nodes中的节点。检查字典graph中的节点是否正确，并确保节点列表nodes包含所有字典graph中的节点。

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isdkz

这个错误是由于节点列表nodes中没有包含边列表edges中的某个节点导致的。在这个特定的例子中，节点列表nodes是由字典graph的键组成的，而edges是由字典graph的键和对应值组成的元组列表。因此，出现这个错误的原因是edges中有一个元组包含一个不在nodes中的节点。检查字典graph中的节点是否正确，并确保节点列表nodes包含所有字典graph中的节点。