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鱼C论坛»论坛 › 编程语言专区 › Python交流 › 为什么不能保存我的文件，哪里出错了
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查看: 2909|回复: 16

[已解决]为什么不能保存我的文件，哪里出错了

[复制链接]
likuo
发表于 2017-7-9 15:51:17 | 显示全部楼层 |阅读模式

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fasta_file=open('RELN.fasta','r')
out_file=open('human.fasta','w')
seq=''
for line in fasta_file:
    if line[0] =='>' and seq =='':
        header=line
    elif line[0] !='>':
        seq=seq+line
    elif line[0] =='>' and seq !='':
        if 'HUMAN' in header:
            out_file.write(header+seq)
            header=line
            seq=''
out_file.close()

下面是RELN.fasta 部分内容


>sp|P78509|RELN_HUMAN Reelin OS=Homo sapiens GN=RELN PE=1 SV=3
GAPTDVTVHPHLAEIHSDSIILRDDFDSYHQLQLNPNIWVECNNCETGEQCGAIMHGNAV
TFCEPYGPRELITTGLNTTTASVLQFSIGSGSCRFSYSDPSIIVLYAKNNSADWIQLEKI
RAPSNVSTIIHILYLPEDAKGENVQFQWKQENLRVGEVYEACWALDNILIINSAHRQVVL
EDSLDPVDTGNWLFFPGATVKHSCQSDGNSIYFHGNEGSEFNFATTRDVDLSTEDIQEQW
SEEFESQPTGWDVLGAVIGTECGTIESGLSMVFLKDGERKLCTPSMDTTGYGNLRFYFVM
GGICDPGNSHENDIILYAKIEGRKEHITLDTLSYSSYKVPSLVSVVINPELQTPATKFCL
RQKNHQGHNRNVWAVDFFHVLPVLPSTMSHMIQFSINLGCGTHQPGNSVSLEFSTNHGRS
WSLLHTECLPEICAGPHLPHSTVYSSENYSGWNRITIPLPNAALTRNTRIRWRQTGPILG
NMWAIDNVYIGPSCLKFCSGRGQCTRHGCKCDPGFSGPACEMASQTFPMFISESFGSSRL
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qianlixiaozhuoz
2017-7-10 18:05:48
likuo 发表于 2017-7-10 15:59
>sp|P78509|RELN_HUMAN Reelin OS=Homo sapiens GN=RELN PE=1 SV=3只是一个相当于标题。
里面有Homo sa ...

试试是这个意思不


  2. fasta_file=open('RELN.txt','r')
  3. out_file=open('human.txt','w')


  6. def isheader(line):
  7.         if line[0] =='>' :
  8.                 return True
  9.         return False
  10.        

  12. def getlist(fasta_file):
  13.         seq=''
  14.         header=''
  15.         h_s=[]
  16.         mid=[]
  17.         for line in fasta_file:
  18.                 if isheader(line):
  19.                         h_s.append(header)
  20.                         h_s.append(seq)
  21.                         mid.append(h_s)
  22.                         header=line
  23.                         seq=''
  24.                         h_s=[]
  25.                 else:
  26.                         seq=seq+line
  27.                
  28.         return mid

  30. def main(fasta_file):        
  31.         mid=getlist(fasta_file)
  32.         for i in mid:
  33.                 if 'HUMAN' in i[0]:
  34.                        out_file.write(i[0]+i[1])
  35.         
  36.             
  37. main(fasta_file)
  38. fasta_file.close()
  39. out_file.close()
复制代码
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ba21
发表于 2017-7-9 16:52:32 | 显示全部楼层
2017-07-09_165038.png

修改后的代码：参考
  1. fasta_file=open('RELN.fasta','r')
  2. out_file=open('human.fasta','w')
  3. seq=''
  4. for line in fasta_file:
  5.     if line[0] == '>' and seq =='':
  6.         header=line
  7.     if line[0] !='>':
  8.         seq=seq+line
  9.     if line[0] == '>' and seq =='':
  10.         if 'HUMAN' in header:
  11.             out_file.write(header+seq)
  12.             header=line
  13.             seq=''
  14. out_file.close()
复制代码
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likuo
 楼主| 发表于 2017-7-9 21:47:34 | 显示全部楼层
ba21 发表于 2017-7-9 16:52
修改后的代码：参考

我是看了一本书里面这样写的，而且你这种方法也没出来结果。
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likuo
 楼主| 发表于 2017-7-9 21:52:36 | 显示全部楼层
ba21 发表于 2017-7-9 16:52
修改后的代码：参考

我想问一下，你这个代码行是怎么写上去的，可以直接复制代码
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ba21
发表于 2017-7-9 22:09:09 | 显示全部楼层
likuo 发表于 2017-7-9 21:52
我想问一下，你这个代码行是怎么写上去的，可以直接复制代码

代码是给你参考的，你用这代码干嘛谁知道啊。知道问题在哪，解决问题才是关键吧。难道现在还不能写文件？
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likuo
 楼主| 发表于 2017-7-9 22:18:26 | 显示全部楼层
ba21 发表于 2017-7-9 22:09
代码是给你参考的，你用这代码干嘛谁知道啊。知道问题在哪，解决问题才是关键吧。难道现在还不能写文件？

写不出来，还是空白
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ba21
发表于 2017-7-9 23:34:41 | 显示全部楼层
likuo 发表于 2017-7-9 22:18
写不出来，还是空白

RELN.fasta

  1. >sp|P78509|RELN_HUMAN Reelin OS=Homo sapiens GN=RELN PE=1 SV=3
  2. GAPTDVTVHPHLAEIHSDSIILRDDFDSYHQLQLNPNIWVECNNCETGEQCGAIMHGNAV
  3. TFCEPYGPRELITTGLNTTTASVLQFSIGSGSCRFSYSDPSIIVLYAKNNSADWIQLEKI
  4. RAPSNVSTIIHILYLPEDAKGENVQFQWKQENLRVGEVYEACWALDNILIINSAHRQVVL
  5. EDSLDPVDTGNWLFFPGATVKHSCQSDGNSIYFHGNEGSEFNFATTRDVDLSTEDIQEQW
  6. SEEFESQPTGWDVLGAVIGTECGTIESGLSMVFLKDGERKLCTPSMDTTGYGNLRFYFVM
  7. GGICDPGNSHENDIILYAKIEGRKEHITLDTLSYSSYKVPSLVSVVINPELQTPATKFCL
  8. RQKNHQGHNRNVWAVDFFHVLPVLPSTMSHMIQFSINLGCGTHQPGNSVSLEFSTNHGRS
  9. WSLLHTECLPEICAGPHLPHSTVYSSENYSGWNRITIPLPNAALTRNTRIRWRQTGPILG
  10. NMWAIDNVYIGPSCLKFCSGRGQCTRHGCKCDPGFSGPACEMASQTFPMFISESFGSSRL
复制代码


运行修改后代码：
human.fasta
  1. >sp|P78509|RELN_HUMAN Reelin OS=Homo sapiens GN=RELN PE=1 SV=3
复制代码


之前的图已经说得很清楚了，代码出在逻辑错误 if elif 代码块。我特地还给了个参考代码，为的是让你知道错误出在哪；不要一味的依赖别人。

再说了你RELN.fasta也只给了部分字符，你也没有说你的代码要实现什么样的功能。
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新手·ing
发表于 2017-7-10 07:32:42 | 显示全部楼层
请说明你这个代码想要干什么
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likuo
 楼主| 发表于 2017-7-10 11:16:29 | 显示全部楼层
新手·ing 发表于 2017-7-10 07:32
请说明你这个代码想要干什么

我就是想把这个RELN文件里面 Homo sapiens 物种的氨基酸序列拷贝并保存到另一个新的文件夹里面。fasta格式不能上传所以就传的txt格式。

RELN.txt

399.85 KB, 下载次数: 3
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新手·ing
发表于 2017-7-10 11:40:19 | 显示全部楼层
likuo 发表于 2017-7-10 11:16
我就是想把这个RELN文件里面 Homo sapiens 物种的氨基酸序列拷贝并保存到另一个新的文件夹里面。fasta格 ...

说人话
你是要从这个文件里找Homo sapiens这个词？
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china25qd
发表于 2017-7-10 11:53:35 | 显示全部楼层
  1. fasta_file=open('RELN.fasta','r')
  2. out_file=open('human.fasta','w')
  3. seq=''
  4. for line in fasta_file:
  5.     if line[0] == '>' and seq =='':
  6.         header=line
  7.     if line[0] !='>':
  8.         seq=seq+line
  9.     if line[0] == '>' and seq =='':
  10.         if 'HUMAN' in header:
  11.             out_file.write(header+seq)
  12.             header=line
  13.             seq=''
  14. out_file.close()
复制代码

这段代码逻辑上有两个问题：
1.如果第一次循环的时候满足
  1. if line[0] == '>' and seq =='':
复制代码
，那么header是啥？
2.如果在运行的时候满足
  1. if line[0] == '>' and seq =='':
复制代码
，但是不满足
  1. if 'HUMAN' in header:
复制代码
，就会什么都不返回
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likuo
 楼主| 发表于 2017-7-10 15:53:16 | 显示全部楼层
china25qd 发表于 2017-7-10 11:53
这段代码逻辑上有两个问题：
1.如果第一次循环的时候满足，那么header是啥？
2.如果在运行的时候满足， ...

我是想把line的信息放到header里面。header也可以是其他名字 。
这几个if是该是按顺序执行的吧。我学习也没几天，也不懂哪里有问题。
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china25qd
发表于 2017-7-10 15:55:36 | 显示全部楼层
likuo 发表于 2017-7-10 15:53
我是想把line的信息放到header里面。header也可以是其他名字 。
这几个if是该是按顺序执行的吧。我学习 ...

你的“header”没有被定义过
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likuo
 楼主| 发表于 2017-7-10 15:59:43 | 显示全部楼层
新手·ing 发表于 2017-7-10 11:40
说人话
你是要从这个文件里找Homo sapiens这个词？

>sp|P78509|RELN_HUMAN Reelin OS=Homo sapiens GN=RELN PE=1 SV=3只是一个相当于标题。
里面有Homo sapiens这个名字。下面有很多行是关于标题的信息。我就是想在这个文本里面找到这个标题。并把标题和下面的内容一起保存到另一个文件里面。

如果还是看不懂就算了。我也不知道该怎么讲清楚！！！
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qianlixiaozhuoz
发表于 2017-7-10 18:05:48 | 显示全部楼层    本楼为最佳答案   
likuo 发表于 2017-7-10 15:59
>sp|P78509|RELN_HUMAN Reelin OS=Homo sapiens GN=RELN PE=1 SV=3只是一个相当于标题。
里面有Homo sa ...

试试是这个意思不


  2. fasta_file=open('RELN.txt','r')
  3. out_file=open('human.txt','w')


  6. def isheader(line):
  7.         if line[0] =='>' :
  8.                 return True
  9.         return False
  10.        

  12. def getlist(fasta_file):
  13.         seq=''
  14.         header=''
  15.         h_s=[]
  16.         mid=[]
  17.         for line in fasta_file:
  18.                 if isheader(line):
  19.                         h_s.append(header)
  20.                         h_s.append(seq)
  21.                         mid.append(h_s)
  22.                         header=line
  23.                         seq=''
  24.                         h_s=[]
  25.                 else:
  26.                         seq=seq+line
  27.                
  28.         return mid

  30. def main(fasta_file):        
  31.         mid=getlist(fasta_file)
  32.         for i in mid:
  33.                 if 'HUMAN' in i[0]:
  34.                        out_file.write(i[0]+i[1])
  35.         
  36.             
  37. main(fasta_file)
  38. fasta_file.close()
  39. out_file.close()
复制代码
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likuo
 楼主| 发表于 2017-7-10 20:03:39 | 显示全部楼层
qianlixiaozhuoz 发表于 2017-7-10 18:05
试试是这个意思不

终于有个对的了，非常感谢！
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likuo
 楼主| 发表于 2017-7-10 20:04:23 | 显示全部楼层
qianlixiaozhuoz 发表于 2017-7-10 18:05
试试是这个意思不

不过好复杂！！
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